Das weltweit einzigartige Ökosystem erstreckt sich in seiner Gesamtheit über deutsches, dänisches und niederländisches Territorium. Seine Verletzlichkeit gegenüber Umwelteinflüssen macht den Lebensraum für zahlreiche Tier- und Pflanzenarten zur schützenswerten Region. Die komplexen und feinstrukturierten biologischen und ökologischen Prozesse im Wattenmeer können bereits bei minimalen Eingriffen empfindlich gestört werden. Deshalb ist der Nationalpark Wattenmeer in verschiedene Schutzzonen-Kategorien aufgeteilt. In der Schutzzone 1 (Ruhezone) hat der Schutz von Tieren und Pflanzen absoluten Vorrang. Lediglich auf den Wander-, Reit- und Radwegen ist es erlaubt, die Natur zu beobachten. In der Schutzzone 2 (Zwischenzone) soll vor allem das typische Landschaftsbild geschützt werden. Diese Zone darf frei betreten werden, jedoch darf nichts mitgenommen werden, was der Natur gehört. Außerdem gibt es saisonale Brutflächen von Vögeln. Diese dürfen während der Brutzeit nur von speziellen Wegen betreten werden. Die Schutzzone 3 (Erholungszone) dient der Erholung des Menschen. Hier sind motorgetriebene Geräte verboten. In allen drei Schutzzonen ist es selbstverständlich zu unterlassen, seinen Abfall dazulassen.
Doch das Wattenmeer von den Niederlanden über Deutschland bis Dänemark ist nicht einzigartig, sondern es gibt über 100 Flachküsten in den gemäßigten Zone. In den tropischen Zonen sind flache Küstengebiete zumeist mit Mangroven überwachsen und werden nicht Wattenmeer sondern Gezeitenwälder genannt. Das nordeuropäische Wattenmeere entstanden in erster Linie mit dem Anstieg des Meeresspiegels infolge der Erwärmung nach der letzten Eiszeit. Besonders bei Sturmfluten brach das Meer ins Land hinein. Dadurch entstanden Flachwasserzonen, die bei Ebbe trocken fielen. Das ist das Watt. Vorgelagerte, höhere gelegenen Küstenlinien wurden dadurch zu Inseln.
