Das Spiel erzählt dabei die gleiche Geschichte wie der Film: Für Die drei ??? geht es nach Südafrika in den wohlverdienten Urlaub: Peters Vater hat die Detektive auf die Geisterinsel eingeladen. Hier soll er der steinreichen Miss Wilbur beim Bau eines Themenparks helfen. Selbst Justus lässt sich zu dem Urlaub überreden, und so startet das Ermittlertrio in eine vermeintlich entspannte Zeit. Schon kurz nach ihrer Ankunft wartet aber ein neuer Fall auf die drei: Der so genannte Tokolosh, ein mysteriöses Ungetüm, verunsichert nämlich die komplette Arbeiter-Belegschaft. Schon bald stoßen die drei Detektive auf ein Geheimnis, das bis ins 17. Jahrhundert zurückreicht – und mehr mit ihrem Leben zu tun hat, als ihnen lieb ist. Dieses Abenteuer scheint ihr größter Fall zu werden.
Jedes Mitglied der drei ??? kann Spieler unabhängig von den anderen Detektiven steuern, um der Lösung des Geheimnisses um die Geisterinsel näher zu kommen. In dem Nintendo DS-Action-Adventure verfügt dazu jeder der drei Detektive über besondere Spezialfähigkeiten: So kann der erste Detektiv Justus Jonas dank seines messerscharfen Verstandes etwa besonders gut Verdächtige, Zeugen und Passanten befragen, um an wichtige Informationen zu gelangen. Zweiter Detektiv Peter Shaw hingegen ist eher sportlich veranlagt – dadurch kann Peter zum Beispiel über Abgründe springen, rennen oder seinen Detektiv-Kollegen per Räuberleiter helfen, auf Gebäude und Felsvorsprünge zu klettern. Bob Andrews, im Trio zuständig für
Recherchen und Archiv, erweist sich im Nintendo DS-Adventure als wahrer Verkleidungskünstler und kann, im richtigen Kostüm, unbemerkt Räume betreten, in denen die drei Fragezeichen nicht gern gesehen werden.
So rätseln und knobeln sich Die drei ??? durch ihr Abenteuer – das Nintendo DS-Spiel führt sie, vom Hafen über das gruselige Skeleton Island durch verschiedene Höhlen bis hin zu Dschungel, Strand und Township, durch die verschiedensten Gebiete und Abschnitte der Geisterinsel. Dabei kommt es für die Spieler sowohl darauf an, sich die persönlichen
Spezialfähigkeiten der einzelnen Detektive zu Nutze zu machen, als auch das Team zusammenzuhalten. Während Spieler mit Justus etwa Passanten nach verdächtigen Vorkommnissen befragen, springen sie mit Peter über eigentlich unpassierbares Gelände, um an einen Hebel zu gelangen, mit dem er etwa ein Tor öffnet – und so den Weg für die beiden anderen Detektive frei zu machen.
Klassische Denk- und Knobelrätsel begegnen den Dreien immer wieder. Spieler müssen nicht nur herausfinden, welches Geheimnis sich um die Geisterinsel rankt - immer wieder sind sie auch gefordert, sich erst einmal ihren Weg über die Insel freizuräumen. Und auch die richtige Detektivarbeit kommt nicht zu kurz: So müssen etwa Fingerabdrücke identifiziert, Phantombilder zusammengesetzt oder Codes dechiffriert werden.
