Edmund Stoiber wurde am 28. September 1941 in Oberaudorf, einem Wintersportort in den oberbayerischen Alpen, geboren. Sein Vater stammt aus der Oberpfalz, die Mutter war Rheinländerin - die Eltern galten in der kleinen Gemeinde daher als “Zugezogene“ und fühlten sich immer ein wenig fremd. Die Münchner CSU-Stadträtin Ursula Sabathil schildert in ihrem Buch “Edmund Stoiber privat“, wie sich der Kaufmannssohn durch die Schule quälen musste. Er war ein eher mittelmäßiger Gymnasiast. Die siebte Klasse musste er wegen schlechter Lateinnoten wiederholen. Jeden Tag fuhr er mit dem Zug von Oberaudorf nach Rosenheim ins Gymnasium; erst auf dem Weg zur Schule erledigte er zusammen mit seinem Jugendfreund Bubi Widmesser die Hausaufgaben.
Zu seinen Hobbys zählten Skifahren, Tischfußball und Schafkopfen - ein typisch bayerisches Kartenspiel, bei dem Frauen damals ausgeschlossen waren. Als zurückhaltenden Schüler beschreibt ihn sein alter Mathematiklehrer Ernst Hauser. Ein Streber sei Stoiber entgegen anders lautenden Vorurteilen nie gewesen. Dagegen beeindruckte er, wie in der Abiturzeitung stand, durch seine “kernig bayuwarischen Sitten und Geräusche“. Damit war Stoibers Fähigkeit gemeint, künstliche Rülpser abzusondern.
