Am 23. Juni verlässt das dunkelhaarige Mädchen gegen 18.30 Uhr die kirchliche Musikschule, an der sie Klavier, Querflöte und Gesang studiert. Eine Freundin sah sie noch kurz darauf.
Zwei Wochen später, am 5. Juli, wird die Familie Orlandi von einem Mann angerufen. Er erklärt am Telefon, dass Emanuela von der „Türkischen antichristlichen Befreiungsfront - Türkesch" entführt worden sei und am 20. Juli gegen den Gefangenen Ali Agca ausgetauscht werden solle. Aber der Papst-Attentäter weigert sich, auf diese Weise freizukommen.
Trotz mehrerer Appelle des Papstes an die Täter ist Emanuela bis heute spurlos verschwunden. Seitdem ranken sich unzählige Spekulationen um den Fall. Am 22. März 1995 wurde der Priester und Caritas-Direktor Don Tonino Intiso, der als Vermittler zwischen dem Vatikan und den Entführern fungiert haben will, verhaftet. Die Staatsanwaltschaft verdächtigt ihn der Erpressung.
Gerüchten zufolge soll Emanuela heute in Kolumbien leben. Sie sei nicht entführt worden, sondern habe wegen einer Liaison mit einem Geistlichen ihr Elternhaus verlassen. Am 4. Dezember 2002 vermeldet Radio Vatikan eine weitere Version zum Fall: „Die Entführung der Vatikanbürgerin Emanuela Orlandi war ein Versuch östlicher Geheimdienste, den Papst einzuschüchtern und von seiner Kritik am Kommunismus abzubringen." Davon ist ein italienischer Untersuchungsrichter überzeugt. In einem Buch schreibt Ferdinando Imposimato, dass die gleichen östlichen Geheimdienste wohl auch hinter dem Papstattentat von 1981 stünden.
