Im pazifischen Raum treffen die Nordost- und Südostpassate zusammen und wehen in westliche Richtung. Die Winde treiben dabei warmes Oberflächenwasser vor sich her. Im Ostpazifik steigt im Normalfall kaltes, nährstoffreiches Tiefenwasser des Humboldtstroms nach oben. Im Dezember ist dann der Luftdruck über dem Pazifik vor Südamerika hoch, Luft sinkt herab und es herrscht Trockenheit. Im Bereich von Australien und Indonesien hingegen steigt Luft auf, was dort zu einem tieferen Luftdruck mit Regenfällen führt. Bei einem El Niño Ereignis wehen Winde aus noch unbekannten Gründen von Westen. Sie breiten dann vor der Küste Südamerikas einen Schwall von warmem Oberflächenwasser über den kalten Humboldtstrom aus. Auch die Luftdruckverhältnisse drehen sich genau um. Über dem Ostpazifik steigt dann Luft auf und über dem australisch-indonesischen Raum sinkt Luft herab. Das normalerweise trockene Wetter vor der südamerikanischen Küste wird regnerisch. Auf der anderen Seite des Ozeans drehen sich die Wetterverhältnisse ebenfalls um. Im Osten Australiens herrscht nun Trockenheit und → Dürre. Da vor der Küste Südamerikas kein kaltes, nährstoffreiches Tiefenwasser mehr nach oben gelangt, bleiben bei einem extremen El Niño die Fische völlig aus. Dies führt zu schlimmen Folgen für die Fischindustrie, die zahlreichen Robben und andere Tiere. Ein El Niño Ereignis kann über ein Jahr andauern.
Das Phänomen El Niño wird oft auf die Klimaveränderungen durch den Menschen zurückgeführt. Es ist aber im Gegenteil eine natürliche Erscheinung. Und während es Fische, Robben, Muscheln und andere Tiere in Massen sterben lässt, erweckt es die lebensfeindliche Atacama-Wüste, die sich entlang der südamerikanischen Westküste erstreckt, zu neuem Leben und bringt sie zum Blühen. El Niño kann jedoch als Beispiel für die Auswirkungen einer möglichen globalen Klimaveränderung durch den Ausstoß von Treibhausgasen dienen.
