Die damalige rot-grüne Bundesregierung hatte sich im Jahr 2002 für den so genannten „sanften Ausbau“ ohne Staustufen entschieden und Naturschützer aufatmen lassen. „Das bringt zusätzlich nur 20 Tage und das reicht nicht“, sagen die Transportunternehmen und haben die bayerische Staatsregierung auf ihrer Seite. Beide hoffen nun mit Schwarz-Rot in Berlin doch ihre Pläne mit der Staustufe umzusetzen, die 130 zusätzliche Tage mit gewünschter Wassertiefe bringen würde. Bei ihrer Forderung verweisen sie auf das im März 2006 abgeschlossene Raumordnungsverfahren der Regierung von Niederbayern, das eine Staustufen empfiehlt.
Bedrohte Flusslandschaft
Die intakte Flusslandschaft, wie sie auf diesem Abschnitt in Niederbayern noch anzutreffen ist, zeichnet sich gerade durch den Wechsel von unterschiedlichen Wasserständen im Fluss und schwankende Grundwasserhöhen in der Au aus. Ständig gibt es durch Abtrag und Auflandung von Material eine Veränderung, dadurch werden permanent Lebensräume neu geschaffen und vergehen auch bald wieder. Dies zieht auch einen intensiven Transport und Austausch von Lebewesen und Stoffen entlang des Flusses und zwischen Fluss und Au nach sich. Es findet eine wechselseitige Einspeisung von Fluss- und Grundwasser statt, Überschwemmungsflächen oder Seitengewässer werden durch Tierarten des Flusses genutzt. All diese Merkmale sind Grundvoraussetzung für die Vielfalt der Lebensräume sowie der Tier- und Pflanzenwelt in und an der Donau. Die sind einzigartig und auf die dynamischen Verhältnisse in der Au angewiesen.
Das „Atmen der Aue“ werden die Schwankungen der Grundwasserstände auch genannt. Sie sorgen für eine Durchnässung des Bodens auch außerhalb der Deiche, so werden die Auepflanzen auch im Sommer mit Wasser versorgt. Der Grundwasserspiegel ist dadurch ständig in Bewegung und verhindert die Bildung von Stoffen, die das Grundwasser negativ beeinträchtigen würden.
Seltene Arten
100 verschiedene Pflanzengesellschaften sind in diesem Gebiet entlang der Donau zu Hause, 16 von ihnen sowie 5100 Einzelarten stehen auf der Roten Liste, zwei sind unmittelbar vom Aussterben bedroht: die Weichholzauwälder und die Kantenlauch-Pfeifengraswiese. Sie sind auf eine intakte Aue angewiesen, benötigen die durch Hochwasser entstehenden Rohböden. Die für Weichholzauwälder typischen Weiden vertragen mehrere Monate lang die Überstauung mit Wasser.
Auch selten vorkommende Tierarten haben am „Bayerischen Amazonas“ ihre Heimat. 1150 verschiedene Vogelarten pflanzen sich hier fort, 40 Prozent stehen auf der Roten Liste, sechs der vorkommenden Arten wie zum Beispiel das Blaukehlchen sind vom Aussterben bedroht. Auch neun der 16 verschiedenen Frosch-, Kröten- und Molcharten finden sich auf der Roten Liste, der Moorfrosch und die Wechselkröte sind ganz besonders gefährdet. Unter den Fischen finden sich Arten, die weltweit nur in der Donau vorkommen, wie Donau-Neunauge, Huchen, Frauennerfling, Streber und Zingel. Eine hohe Artenfülle mit sechs vom Aussterben bedrohten Arten findet sich auch bei Schnecken und Muscheln.
Insgesamt sind fünf Naturschutzgebiete zwischen Straubing und Vilshofen ausgewiesen, eine „gesamtstaatlich repräsentative Bedeutung“ hat das 808 ha große Isarmündungsgebiet, das besonders gefördert wird.
